发票限额设定的主要原因包括：
遏制虚开代开行为：
通过设定发票开具限额，可以确保单户纳税人能够开具的发票金额与其经营性质和规模相对应，从而在一定程度上遏制虚开发票和代开发票的行为，降低开票方的违法风险。
防止误开发票风险：
限额管理有助于降低纳税人因操作失误而开具超出实际金额几个数量级的发票，从而避免不必要的麻烦和纠纷。
加强税收管理：
税务机关通过设定最高开票限额，可以对纳税人的开票行为进行有效监控，防止不法分子虚开发票造成严重后果，确保税收管理的有效性和合规性。
促进企业合理规划发票使用：
对辅导期纳税人实行限量限额发售专用发票，可以促使企业合理规划发票使用，避免浪费和滥用发票，同时便于税务机关对企业的发票使用情况进行监控。
防止税收流失：
设定发票限额还可以防止个别企业恶意开出大额发票后逃避税收，从而保障国家税源不受损失。
减少退税骗税行为：
增值税专用发票因其可抵扣和办理出口退税等特性，容易成为骗税行为的工具。通过设定限额，可以减少这种违法犯罪行为的发生。
综上所述，发票限额的设定是为了保障税收管理的有效性，防止各种形式的发票违法行为，保护纳税人的合法权益，并促进企业的合规经营。
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