农村超市需要缴纳的税种主要包括以下几种：
增值税
增值税是农村超市的主要税种之一，根据超市的规模和是否申请成为一般纳税人，增值税的征收方式有所不同。小规模纳税人通常按营业额的3%缴纳增值税，而一般纳税人则按销售收入的17%计提销项税，并可抵扣进项税。
城市维护税
城市维护税是依据增值税的税额缴纳的，通常按增值税的7%缴纳。
教育费附加
教育费附加也是依据增值税的税额缴纳的，通常按增值税的3%缴纳。
地方教育附加
地方教育附加一般按增值税的2%缴纳。
个人所得税
个体工商户需要缴纳个人所得税，具体税率根据利润情况而定，利润在10万元以下的部分按10%征税，超过10万元的部分按20%征税。
企业所得税
企业需要缴纳企业所得税，通常按利润的25%征税。
房产税和土地税
如果超市拥有自有房屋，还需要缴纳房产税和土地税。
印花税
购销合同按购销金额的万分之三贴花，账本按5元/本缴纳（每年启用时），年度按“实收资本”与“资本公积”之和的万分之五缴纳。
其他税种
根据经营规模和情况，还可能涉及消费税、车船使用税、契税等。
建议
小规模纳税人：如果农村超市的营业额较小，可以申请成为小规模纳税人，按营业额的3%缴纳增值税，其他附加税费也相对较低。
一般纳税人：如果超市规模较大，可以申请成为一般纳税人，虽然增值税税率较高（17%），但可以享受进项税抵扣，总体税负可能较低。
建账与定额：超市应根据当地税务机关的规定建立账目，以便准确核算应纳税额。对于小规模纳税人，税务机关通常会采取定期定额征收方式，核定一个每月应缴纳税款的额度。
请根据超市的具体情况和当地税务机关的规定，选择合适的纳税方式和税额计算方式。
相关文章：
土地增值税计入哪里01-16
深圳哪个超市工资高点01-16
增值税计入哪个科目01-16
美国什么超市出名01-15
每月报税需要哪些税种01-13
施工企业交哪些税01-13
税务申报有哪些内容01-13
销售啤酒交哪些税01-13