处理房屋跨宗地的问题，可以参照以下几点建议：
区分情形办理
如果房屋和土地有合法的权属来源文件，且项目跨宗地建设未超出批准用地范围，没有调整宗地需求，则可以按照所在宗地分布办理不动产登记。
如果需要调整宗地，必须经过自然资源和规划部门的同意，并进行相应的调整后，才能办理不动产登记。
信息不一致的处理
对于原分散登记的房屋和土地信息不一致的情况，如果项目跨宗地建设，则继续分别按照原记载的房屋和土地用途进行登记，未经依法批准不得改变已登记的不动产用途。
土地证和房产证的补办
如果房屋有国土证（总证），可以根据国土证直接向国土部门申请分户。
如果房屋没有办理土地证，需要向当地国土部门申请补办土地证，并补缴土地出让金，以完善土地手续并取得土地证。
虚拟分割与合宗
虚拟分割建筑物并分别登记的方法并不可取，因为虚拟分割后各部分的权属界线无法封闭，也不再具有独立使用价值，不满足不动产登记的基本单元设定。
如果因房屋跨宗而需要办理合宗手续，则必须经过规划审批，重新补签土地合同，并可能因超容积率而补交土地出让金。
跨宗土地主管部门的协调
如果跨宗土地分属不同县级主管部门，应当分别申请。
如果属于同一主管部门，则可以一并申请。
政策咨询与解决
对于因跨宗地界线问题影响土地证办理的情况，可以咨询当地相关部门或政策，看是否有特定的解决方案。
建议在具体操作前，先咨询当地的自然资源和规划部门或不动产登记中心，了解详细的政策和流程，以确保合法合规地办理房屋跨宗地的问题。
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