如果发现土地确权面积少于实际应分面积，可以采取以下步骤进行处理：
及时提出并重新测量
权利人发现土地确权面积少了时，应及时向土地管理部门提出重新测量的要求。
如果问题没有得到解决，可以向当地人民政府提出处理要求，要求重新丈量土地，直到面积正确为止。
了解确权登记依据与过程
确认权登记是基于二轮土地承包合同和经营权证进行的，旨在解决承包地面积不准等问题。
若确权面积少于应分面积，且村集体有机动地，理论上应优先补足面积；若无法补足，则需考虑其他解决方案。
收集相关证据
农户可以收集相关证据，如历史承包合同、村民证明等，向乡镇政府或农村土地承包仲裁机构申请调解或仲裁，要求合理调整确权面积。
签字确认与公示
纠错地块的本户及相邻地块的双方户主需签字确认，以便核实情况。
村组需对纠错申请进行核实，并签字盖章以示认可。纠错申请经村组核实后，需上报至乡镇农经站进行统一审批。
法律途径
如果通过调解或仲裁仍无法解决问题，权利人可以向人民法院提起诉讼，维护自身权益。
保持沟通
在整个过程中，保持与相关部门的积极沟通，确保自身权益得到保障。
通过以上步骤，可以依法处理土地确权面积少于实际应分面积的问题，确保农民的合法权益得到保障。
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