工程结算主要归 预算部门管。具体来说，工程结算是指施工企业根据承包合同与已完工程量向建设单位或业主办理工程价清算的经济文件，而工程结算纠纷的处理则是以预算部为主，其他部门配合完成的。同时，国务院财政部门、各级地方政府财政部门和国务院建设行政主管部门、各级地方政府建设行政主管部门在各自职责范围内负责工程价款结算的监督管理。
因此，如果遇到工程结算的问题，首先应该由预算部门负责审核和结算，其他相关部门如工程部、成本控制人员等需要配合预算部门完成结算资料的审核和整改。如果涉及到纠纷，则预算部应主导处理，其他部门如劳动或司法部门（如公安局、人民法院）也会根据具体情况参与处理。
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